De tweede meest populaire en meest gebruikte startercultuur na het mesofiele type zijn thermofiele bacteriën. Ze hebben een aantal kenmerken van gebruik en productieprocedures.
In tegenstelling tot de meer gebruikelijke mesofiele fermenten, die worden toegevoegd aan melk die wordt verwarmd tot 25-30 graden Celsius, "tolereren" thermofiele fermenten 30-40 graden en meer. Minder gevoeligheid voor temperatuuromstandigheden maakt het laatste type kaasingrediënt onmisbaar bij de productie van zogenaamde extractkazen, erg populair in Italië, evenals bij het opwarmen van variëteiten. Deze omvatten de variëteiten "Mozzarella", "Provolone", "Romano" en verschillende variëteiten die traditioneel in Zwitserland worden geproduceerd.
De belangrijkste bacteriestammen die worden gebruikt bij de bereiding van thermofiele starters zijn Streptococcus thermophilus, Lactobacillus delbrueckii ssp.bulbaricus en Lactobacillus helveticus. Ze overleven en gaan goed om met melk bij temperaturen tot 65 graden Celsius. Bij een lagere temperatuur is het mengen van thermofiele starterculturen met mesafiele starterculturen niet uitgesloten.
Als je een simpele zelfgemaakte kaas wilt maken of een halfharde versie daarvan zoals "Gouda", dan heb je simpelweg geen thermofiele starterculturen nodig. Hetzelfde geldt voor variëteiten met verschillende soorten schimmels - wit, blauw, groen of roodoranje. In dit geval hoeft u alleen een reguliere mesofiele startercultuur aan te schaffen.